Die Biotopverbundplanung dient der Schaffung von Biotopverbünden oder Biotopverbundsystemen. Ziel ist es, bislang isoliert bestehende Biotope miteinander zu verbinden, d. h. einen Austausch von Flora und Fauna und auch eine Vergrößerung bestimmter Lebensraumtypen zu ermöglichen, die wiederum die Ansiedlung weiterer Arten in den jeweiligen Biotopen begünstigt. Eine Isolation von Biotopen erfolgt z. B. Bauwerke, die Biotope zerschneiden können. Aber auch die Zersiedlung des ländlichen Raumes kann ein Biotop isolieren, sodass kein Austausch mehr stattfindet Biotopverbundsysteme sind im Prinzip verknüpfte Biotope, die durch geeignete Maßnahmen geschaffen werden. Die Biotopverbundplanung ermittelt Biotope durch Recherche, Bestandsanalyse und ggf. Kartierung. Die erhobenen Daten werden mittels GIS mit den Katasterdaten verschnitten. Auf dieser Grundlage wird versucht, die Isolierung der Biotope aufzuheben und zum Beispiel durch Umgestaltung von Flächen Durchgängigkeiten herzustellen, oft reicht hier der Rückbau von Anlagen und die Überlassung der Flächen der natürlichen Sukzession. Auf Grundlage der Biotopverbundplanung kann weiterhin der erforderliche Grunderwerb (GE) für die Herstellung des Biotopverbundes ermittelt werden. Auf dieser Grundlage können Möglichkeiten und Kosten des Grunderwerbs geprüft und Verhandlungen geführt werden. Bestandteil der Biotopverbundplanung ist eine Kostenermittlung (Schätzung). Mit Hilfe der Unterlagen der Biotopverbundplanung können Fördermittel zur Umsetzung der Maßnahmen beantragt werden.

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